כולל החצר"מים פועל בשיתוף עם ישיבת בני עקיבא הדרום ובבית מדרשה. אברכי הכולל לומדים הלכה בעיון ובהתמדה לקראת מבחני ההסמכה של הרבנות הראשית – "יורה יורה".
בין הסדרים משתלבים האברכים בחונכות לימודית וליווי חברתי של תלמידי הישיבה התיכונית, ורואים ברכה בעמלם.